云南中医药大学聚焦民族医药、滇南医药、南药研究三大科研集群，科研实验室总面积达17574.8㎡，设备总值达1.86亿元。拥有国家级及省级科研平台22个，其中国家中医临床研究基地1个，国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个，省级重点实验室3个、工程（技术）研究中心4个、中医药临床评价研究中心1个，公共科技服务平台2个，省级新型研发机构2个，省级协同创新中心3个，省哲学社会科学研究基地1个，省技术转移示范机构1个，省国际联合创新平台1个，省国际科技合作基地1个。云南省科技特派团3个。拥有省级创新团队8个，省级院士专家工作站及站点23个。拥有省高校重点实验室和工程中心24个，省高校科技创新团队17个。科研立项和科研经费逐年提升，科技成果获奖稳中有升。近3年来（2021-至今），学校作为第一单位获省级科研成果奖9项，其中云南省科学技术进步奖一等奖2项，二等奖2项，中华中医药学会科学技术奖一等奖1项。

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